Флаг города Биробиджана представляет собой прямоугольное  полотнище белого цвета, разделенное двумя голубыми широкими лентами, которые проходят симметрично по центру полотнища флага.
Флаг города воспроизводит в сокращенном виде символику гербового щита и вписан в центр флага. Отношение ширины флага и его длины 2:3. Габаритная ширина изображения герба на флаге г. Биробиджана должна составлять одну треть высоты флага. При воспроизведении флага должно быть обеспечено его цветовое и изобразительное соответствие оригиналу и описанию. Допускается воспроизведение флага различных размеров из различных материалов и в виде вымпела.

Флаг г. Биробиджана устанавливается:

  • на зданиях Биробиджанской городской Думы и мэрии города;
  • в дни праздников и памятных событий — на зданиях организаций, учреждений, входящих в реестр муниципальной собственности.

Флаг г. Биробиджана должен находиться:

  • в рабочем кабинете мэра города;
  • в зале заседания мэрии города. 

Флаг г. Биробиджана может находиться в рабочих кабинетах:

  • прокурора города;
  •  руководителя представительного органа местного самоуправления, депутатов городской Думы.

Флаг г. Биробиджана может быть поднят при церемонии и во время других торжественных мероприятий, проводимых органами местного самоуправления г. Биробиджана, городскими общественными
объединениями, предприятиями, учреждениями и организациями независимо от форм собственности.

При одновременном поднятии Государственного флага Российской  Федерации и флага города Биробиджана, если они размещены рядом, флаг города Биробиджана не должен быть по размерам больше
Государственного флага Российской Федерации и должен развиваться справа от него (при виде от зрителя). То же самое относится и по отношению к флагу Еврейской автономной области.
При одновременном подъеме флага города Биробиджана и флага  организации (предприятия, учреждения) флаг организации (предприятия, учреждения) не должен быть по размерам больше флага
города Биробиджана и должен размещаться справа от него (при виде от зрителя).

В знак траура в верхней части древка флага крепится черная лента, длина которой равна длине полотнища флага, и флаг  приспускается до половины древка. Общая длина ленты должна быть
равна длине полотнища флага. 

При протокольных встречах и переговорах официальных делегаций города Биробиджана с иностранными делегациями, в т.ч. и городов-побратимов, устанавливаются настольные флажки иностранной
делегации и г.Биробиджана.